De animatieserie G.I. Joe Extreme ondersteunde naast een stripreeks de gelijknamige speelgoedlijn die verkrijgbaar was van 1995 tot en met 1997. Een nieuw team van Joes moet aan de bak om de opkomende terroristische organisatie S.K.A.R. (Soldiers of Khaos, Anarchy and Ruin) en hun fanatieke leider Iron Klaw het hoofd te bieden. Sunbow, die we ook kennen van de eerste animatieseries rond G.I. Joe, A Real American Hero, zou samen met Graz Entertainment en Gunther-Wahl Productions zorg dragen voor de animatieserie. Ook in deze animatieserie zien we aan het einde met 'Knowing is Half the Battle' vergelijkbare segmenten. Van de twee seizoenen zijn hieronder beknopte samenvattingen te lezen.
Seizoen 1
A Summoning of Heroes
Nieuwe helden dienen zich aan voor het G.I. Joe team om in actie te komen tegen een nieuwe dreiging voor het Europese continent: de geheimzinnige organisatie SKAR.
Serious Leg Work
Terwijl de andere Joes op missie zijn, blijft de gewond geraakte Mayday alleen achter op het hoofdkwartier. Iron Klaw ziet zijn kans schoon om hiervan gebruik te maken.
Point of Honor
Lieutenant Stone stuurt de nog steeds gewonde Mayday, Ballistic en huurling Quick Stryke op missie om een oude raketopslagbasis in te nemen voordat SKAR hen voor is. De vraag is alleen voor wie Quick Stryle in dienst is.
Chips and a Cold, Cold Drink
Black Dragon en Metal Head leiden een aanval tegen SKAR met als doel waardevolle technologie te stelen. Zij krijgen het vooral aan de stok met Rampage die zelf deze technologie gebruikt om Iron Klaw van de troon te stoten.
To Catch a Klaw
Nadat Ballistic, Mayday en Lieutenant Stone in een hinderlaag van SKAR lopen, begint het Joe team Count von Rani ervan te verdenken dat deze voor SKAR werkt. Hoewel Clancy dit idee onmiddellijk verwerpt, besluit Stone het kasteel van Von Rani te infiltreren.
Relics
Sergeant Savage werpt zich op om een voormalig cryogeenexpert van Iron Army weer achter slot en grendel te krijgen.
Dawn's Oily Light
Harpoon, Metal Head en Black Dragon komen in actie tegen SKAR dat olieplatforms in de Golf van Mexico bezet. Als zijn teamgenoten gevangen worden genomen door Rampage, is het aan Harpoon om ze te bevrijden en SKAR's plan te dwarsbomen.
Crawling from the Wreckage
De Joes haasten zich net als Inferno en Wreckage naar de plaats waar een nieuwe wapensatelliet is neergehaald.
Extend a Helping Klaw
Rampage heeft een nieuw wapen ontworpen dat levende wezens omtovert tot wandelende tijdbommen. Als Lieutenant Stone door het wapen geraakt wordt, komt er hulp uit onverwachte hoek.
Now Hear This
Inferno steelt de Mesmerizer, het apparaat dat in staat is subliminale boodschappen te verspreiden.
Winner Take All
Freight verlaat het G.I. Joe team en keert terug naar zijn American Footballteam nadat Metal Head ernstig gewond raakt. Ondertussen is Iron Klaw op zoek naar een nieuwe supersoldaat.
Coup of the Klaw
De Verenigde Staten worden geleid door Iron Klaw die het leger opdraagt om voortvluchtige Joes op te sporen en uit te schakelen. Ondanks de hopeloze situatie blijven de Joes in actie om hun land te bevrijden.
Rebellion
De Joes blijven in actie om hun land te vrijwaren van SKAR.
Seizoen 2
SKAR Under Siege
Iron Klaw lijkt verslagen en SKAR is op weg naar het einde. Rampage neemt het leiderschap op zich. De Joes en Rampage weten niet dat Iron Klaw nog leeft en zichzelf voordoet als Clancy, de G.I. Joe verbindingspersoon met de overheid.
Operation: Underground
Terwijl Iron Klaw zich nog steeds voordoet als Clancy, moeten de Joes flink aan de bak tegen een verbitterde en bomgevaarlijke SKAR recruut.
A Traitor Among Us
Sergeant Savage beschuldigt Metal Head van verraad als het spoor van verdwenen beveiligingsdocumenten direct naar de computerexpert leidt. Lieutenant Stone is de enige persoon die de waarheid kent.
Iron Klaw Unmasked
Het vreemde gedrag van Clancy wordt verklaard, de Joes weten nu dat hij Iron Klaw is. Maar is het te laat?
The Search for Clancy
De zoektocht naar de echte Clancy begint, met hulp van de nieuwe Joe rekruut Tracker en zijn wolf Lakota.
Sabotage in the Sky
Een aanval op een onderzoeksfaciliteit van SKAR onthult een verband met een grote luchtvaartmaatschappij. Stone stuurt Mayday en Harpoon om de luchtvaartmaatschappij te infiltreren.
The Silencer
Huurling The Silencer lokt Eagle Eye naar zijn geheime eiland om een oud dispuut met hem uit te vechten.
Rampage for President
SKAR bevrijdt Rampage uit de gevangenis en laat hem meedoen met de presidentsverkiezingen van het Afrikaanse land Comchaka. De Joes leren al snel dat Rampage weinig vertrouwen heeft in de democratie.
Hard Road Home
General Leon Bosch gijzelt een vredesconferentie met als doel de controle over het land te krijgen. De Joes worden gestuurd om orde op zaken te stellen.
Wreckage: Revenge!
Rampage organiseert een clandestiene wapeninzameling en verzekert zich van de steun van Wreckage.
Fear at Fifty Fathoms
Een eskader van de luchtmacht verdwijnt in de Bermuda Driehoek. Clancy stuurt de Joes op missie om de vermiste piloten op te sporen.
Metalhead goes A.W.O.L.
Metal Head heeft genoeg van de constante verdachtmakingen door Sergeant Savage en besluit het G.I. Joe team te verlaten.
Betrayal
Metal Head en Iron Klaw willen de Joes op hun knieën en organiseren een rally met de wereld als getuige. Black Dragon wordt gevangengenomen en dreigt te worden geëxecuteerd tijdens de rally.