G.I. Joe: Ninja Battles is een korte militaire science fiction film die verkrijgbaar was op DVD als deel van de set van gelijknamige speelgoedartikelen. De geschiedenis van de Arashikage Clan staat centraal, alsook het verleden van de rivaliteit tussen Snake Eyes en Storm Shadow. De film bevat scènes uit zowel G.I. Joe: Spy Troops en G.I. Joe: Valor vs. Venom.

De Iron Master vertelt aan Tiger Claw aan de hand van flashbacks over de oorsprong van de vete tussen de Arashikage Clan en Red Ninjas en de rivaliteit tussen Snake Eyes en Storm Shadow. Hard Master onderwerpt de twee aan een reeks van beproevingen, waarna Storm Shadow zich bij Cobra aansluit en Snake Eyes de schuld geeft voor het verval van zijn familie. Duke weet zeker dat Storm Shadow ooit de waarheid te weten komt over zijn familie en weer welkom zal zijn bij de Arashikage. Storm Shadow verschijnt en daagt Snake Eyes en Tiger Claw uit tot een gevecht.