G.I. Joe: Spy Troops is een uur durende animatiefilm die in 2003 direct op video verkrijgbaar was en later dat jaar voor het eerst op TV te zien was bij Cartoon Network. Een jaar later zou het vervolg G.I. Joe: Valor vs. Venom te zien zijn. Spy Troops is als productie van Reel FX Creative Studios de promotie van het de speelgoedlijn met dezelfde naam. Het scenario is van de hand van Larry Hama.

Spy Troops vertelt het verhaal van het G.I. Joe team dat er in geslaagd is om de Mind Interference Remote Control (MIRC) te perfectioneren. Met dit systeem is het voor de G.I. Joe specialisten mogelijk om een voertuig van een veilige afstand te besturen. Cobra stuurt Zartan om het Joe team te infiltreren en de MIRC technologie te stelen. Het is nu aan de Joes om dit ongedaan te maken.