The Descent (Dubbele aflevering)
Duke, Rip Cord, Tunnel Rat, Roadblock en Scarlett worden op missie gestuurd om Cobra Pharmaceuticals te inspecteren. Aldaar komen ze op het pad van Cobra's nieuwste geheime wapen, de Bio-Vipers. De Joes worden betrapt en blazen de faciliteit op om zichzelf te redden, en Rip Cord lijkt dit niet te overleven. De Joes krijgen de schuld van de vernietiging van Cobra Pharmaceuticals, in de media krijgen zij de naam 'Renegades' aangemeten. Een van de Bio-Vipers heeft de explosie overleeft en is op weg naar Springfield.

Rage
Verkleed als pastor ontvoert Scap-Iron Tunnel Rat en gebruikt de Joe om een gewapend harnas ('Exo-Armor') te testen voor M.A.R.S. Industries van James McCullen Destro. Tunnel Rat moet nu vechten tegen Ralph Pulaski (Steeler) die ook een harnas draagt. Roadblock, die de Joes wil redden, wacht nu hetzelfde lot.

Dreadnoks Rising
Tijdens een pit stop in Kansas vinden de Joes de Dreadnoks op hun pad. Deze en hun leider Zartan houden de lokale bevolking in hun greep terwijl de sheriff niet durft in te grijpen. Het is aan de Joes om orde op zaken te stellen.

The Package
Baroness stuurt Major Bludd om een voormalige Cobra medewerker op te sporen en te vermoorden. Hij wordt ervan verdacht vertrouwelijke apparatuur te hebben gestolen. Wat de Cobra's niet weten is dat deze persoon door de Joes wordt beschermd.

Return of the Arashikage (Dubbele aflevering)
De Joes zoeken hun toevlucht naar de dojo van Snake Eyes. Daar ontmoeten ze zijn eerste leerling, Jinx, en komen ze meer te weten over de banden met Storm Shadow en het verleden van de Arashikage. Storm Shadow ontvoert Jinx, de Joes komen in actie om haar te redden.

Busted
Duke verdwijnt onterecht achter tralies als hij ervan wordt beschuldigd illegale voertuigonderdelen te hebben gekocht. De Joes zetten een reddingsmissie in en ontdekken dat de baas van de gevangenis ervan geniet om de gevangenen tegen elkaar te laten vechten.

The Enemy of My Enemy
Adam DeCobray, baas van Cobra Industries, verzekert zich van de diensten van James McCullen van M.A.R.S. Industries om de Bio-Vipers uit te rusten met de Exo-Armor harnassen. De Joes komen dit plan op het spoor en infiltreren het Cobra laboratorium.

Fire Fight
Het stadje Green Ridge is niet gediend van Cobra's plan om een dam te bouwen. Als wraakactie wordt Firefly gestuurd om het stadje tot de grond af te branden. Het G.I. Joe team en de lokale brandweer komen in actie om dit plan te verijdelen.

Homecoming (Dubbele aflevering)
Duke keert terug naar zijn geboortestaat Missouri om zijn familie te beschermen tegen Cobra. Duke's jeugdige verleden met Flint en het footballkampioenschap van de middelbare school wordt onthuld.

Brothers of Light
De onafscheidelijke Cobra tweeling Tomax en Xamot houdt een gemeenschap in hun greep en doet zich te goed aan hun geld. Ondertussen is Doctor Mindbender van plan om de controle te krijgen over de Bio-Vipers.

Knockoffs
Zartan krijgt het aanbod de Joes te helpen in ruil voor een lagere gevangenisstraf. Baroness zorgt ervoor dat Cobra Commander de technologie krijgt om met een camouflagekostuum zijn verschijning te dupliceren, maar Zartan gooit onbedoeld roet in het eten. Het is nu aan de Joes om Zartan te pakken en het camouflagekostuum terug te vinden.

White Out
Mindbender ontwerpt de Shadow Vipers, feitelijk synthetische dubbelgangers van Storm Shadow om de Joes op te sporen in Canada.

Shipwrecked
Met de hulp van Hector Delgado (Shipwreck) wordt een container met geheime informatie uit het poollab van Cobra getransporteerd naar Generaal Abernathy in Washington DC. Aan boord van Shipwreck's schip wordt Courtney, een prototype van de Techno-Vipers vrijgelaten.

Castle Destro
De Joes worden gevangengenomen in het Schotse kasteel van Destro. Daar komen zij op het spoor ban de Bio-Dag, een enorme raket die in staat is om grote aantallen Bio-Vipers op de aarde los te laten.

Union of the Snake
De Joes infiltreren een topconferentie in het Cisarovna kasteel in Rusland en ontdekken een nieuw Cobra plan, 'Black Adder', om de controle over mensen te krijgen via hun mobiele telefoon.

The Anaconda Strain
De Joes ontdekken dat Cobra van plan is om de aarde te besmetten met een gevaarlijk virus, 'Anaconda Strain', en rijk te worden van de opbrengsten van het tegengif. De Joes gaan op zoek naar de vermiste chemicus Doctor Kurt Schnurr (Airtight).

Prodigal
De Joes vallen een medische faciliteit binnen om te zoeken naar een oplossing voor de Anaconda Strain. Aldaar stuiten ze op Patient X, de oorsprong van Anaconda Strain, in werkelijkheid Rip Cord met geheugenverlies. Wat de Joes niet weten is dat Rip Cord gedeeltelijk is veranderd in een Bio-Viper.

The Anomaly
Mindbender's plannen om een nieuwe hybride vorm van mens en Bio-Viper te maken, lijken te mislukken, totdat het monster zich ontwikkelt in de riolering van New York City. Daar zijn de Joes in actie om Tunnel Rat te steunen in zijn zoektocht naar het vermiste kind Reggie.

Cutting Edge
Scarlett en Snake Eyes ontdekken dat Cobra Commander zich verschuilt in Cobra Tower na een aanval van ninja's op zijn kasteel. Baroness roept de hulp in van Storm Shadow om Cobra Commander te beschermen tegen de ninja, waarvan al snel blijkt dat deze eigenlijk Jinx is een high tech harnas van Destro's M.A.R.S.

Cousins
Flint stuurt Corporal Hershel Dalton (Heavy Duty) om diens vervreemde neef Roadblock aan te houden terwijl hij en het Joe team in Biloxi, Mississippi de begrafenis van hun grootvader bijwonen. Major Bludd zet de achtervolging in op de neven en verliest zijn arm aan een alligator.

Going Underground
De Joes onderzoeken een reeks aardbevingen aan de oostkust en stuiten op een aantal tunnels onder een boerderij in Virginia die het werk zijn van Cobra. Duke en Scarlett worden van hun teammaten gescheiden door toedoen van een enorme graafmachine. Ze ontdekken dat Cobra werk maakt van een ondergronds netwerk dat hen in staat stelt om zich onopgemerkt te kunnen verplaatsen.

Revelations (Dubbele aflevering)
Tijdens een bezoek aan haar ouderlijk huis in Atlanta komen Scarlett en het Joe team te weten dat haar vader, professor Patrick O'Hara de uitvinder is van de Molecular Assambler Scrambler Sender (de M.A.S.S. Device) en dat hij dat deed voor Cobra. Baroness stuurt de Bio-Vipers naar de Joes om de steen in het medaillion van Scarlett te pakken te krijgen. De steen is een onmisbaar onderdeel van de M.A.S.S. Device. De Cobra's weten de steen te bemachtigen en het is nu aan de Joes om de Cobra's ervan te weerhouden hun M.A.S.S. Device te voltooien.