Seizoen 1

Cobra Strike
G.I. Joe moet aan de bak tegen Cobra op de Noordpool en in het Amazonegebied waar hun nieuwe wapens goed van pas komen tegen de nieuwe lichting BAT's.

Escape
Destro hackt de computer van Sigma 6 en besmet het met een virus. Zartan en zijn Dreadnoks krijgen de taak om Cobra Commander te bevrijden.

Capture
Cobra Commander heeft weer de leiding over Cobra Command en leidt een groot offensief tegen het G.I. Joe hoofdkwartier. Scott, de zoon van General Hawk en Spud worden achtervolgd door Overlord Vector.

Reveal
Snake Eyes probeert Scott en Spud te redden uit de handen van Cobra en vindt Storm Shadow op zijn weg. Het G.I. Joe hoofdkwartier is vernietigd en de Joes maken zich op voor Cobra's nieuwe plan met de naam Cobra Coast.

Sigma
Duke, Scott en de andere Joes hebben exact dertig minuten de tijd om een plasmakanon te ontwapenen voor Cobra Command de volledige overwinning behaald.

Race
Zowel de Joes als Baroness zetten alles op alles om een geheimzinnige, krachtige steen te bemachtigen.

Jungle
Cobra en G.I. Joe zijn naarstig op zoek naar de stenen vol kracht. Als Zartan er een bemachtigd, is het aan Snake Eyes en Spirit om de steen in handen te krijgen.

Vacation
Tijdens een vakantie in Las Vegas ontdekken de Joes het plot van Destro om een casino als dekmantel te gebruiken voor een super laserwapen.

Polar
Duke en de andere leden van het Joe-team reizen naar Antarctica om een Cobra fort binnen te dringen. Daar moeten zij zich eerst ontdoen van tientallen BAT's.

Honor
Als een krachtsteen ontdekt wordt op Mount Arashikage, vechten Snake Eyes en Storm Shadow om de steen te bemachtigen. Ondertussen bevechten Jinx en Kamakura de Dreadnoks.

Space
Scott en zijn vrienden bezoeken de Cape Douglas raketbasis. Cobra Command bezet de basis en is van plan een enorme raket te lanceren om de wereld aan zijn voeten te krijgen.

Zeus (1)
Cobra Command ontwikkelt met behulp van de krachtstenen de onverwoestbare superrobot Zeus. Storm Shadow ontvoert Spud.

Zeus (2)
De Joes moeten met hun gezamenlijke kracht en technologie Zeus vernietigen en Spud redden uit de handen van Cobra.

Seizoen 2

Hidden
Zartan en zijn Dreadnoks worden gestuurd om een plasmawapen te stelen uit Londen. Zij vinden Sigma 6 op hun pad, samen met hun nieuw bondgenoten Lieutenant Stone en Firefly.

Invasion
Door toedoen van een verrader zorgt een computervirus er voor dat de nieuwe basis van Sigma 6, 'Sea Titan' wordt uitgeschakeld. Cobra Command maakt handig gebruik van de chaos en zet de aanval in. De verrader heeft ook een chip geplaatst in de Dragonhawk, als deel van Cobra's plan.

Search
Na de aanval op Sea Titan infiltreert Sigma 6 een Cobra basis om erachter te komen wat Cobra Command van plan is en de Dragonhawk terug te vinden.

Showdown
Cobra Command zet in op de diefstal van een staaltje van nanotechnologie uit het Central Museum. Sigma 6 zet de tegenaanval in en vindt Destro op zijn pad die van de gelegenheid gebruik maakt om zijn nieuwe Brain Ripper uit te testen. Hi-Tech is de enig overgebleven Joe om de zaak te redden.

Challenge
Tunnel Rat verliest een weddenschap en gaat als tegenprestatie in de leer als ninja. Hij voegt zich bij Kamakura, Snake-Eyes en Jinx op een reis naar Centraal Amerika waar Storm Shadow en Baroness op hen wachten.

Trap
Snake Eyes wordt gevangengenomen in Roemenië en Duke, Scarlett en Heavy Duty zetten de achtervolging in, tot zij zelf gevangen worden genomen door Destro.

Revelations
Leden van Sigma 6 worden een voor een gevangengenomen. Duke moet met behulp van het experimentele plasmaharnas van Hi-Tech naar de Cobra basis om zijn makkers te redden.

Duel
Na harde gevechten met een leger van BAT's moet Duke eerst nog langs de hoogontwikkelde BAT's voor hij oog in oog komt met Cobra Commander.

Awards
Een compilatieaflevering waarin diverse belangrijke momenten uit de geschiedenis van Sigma 6 worden gevierd.

Balance
Overkill bemachtigt een geheime biochip en integreert zijn synthetische lichaam met de kracht van de machine en bouwt een ijzersterk lichaam om Sigma 6 te bevechten. Zijn volgende plan is het stelen van de andere chips om de wereld te maken tot een elektronisch verlengstuk van hemzelf.

Giant
Per abuis groeien insecten uit tot enorm formaat als Zartan en zijn Dreadnoks vloeistoffen hebben gelekt uit een krachtcentrale.

Ice
Cobra Commander geeft opdracht tot twee Terror Dromes op de Noordpool en Zuidpool. Een machine die de elementen beïnvloedt, houdt de hele wereld in zijn wurggreep.

Assault
Na de vernietiging van de Terror Drome op de Zuidpool is het aan de overgebleven leden van Sigma 6 om ook de andere Terror Drome te vernietigen en hun maten te redden.