Als vervolg op G.I. Joe: Spy Troops ziet in 2004 de Amerikaanse CGI-animatiefilm G.I. Joe: Valor vs. Venom het levenslicht, deels om de gelijknamige speelgoedlijn luister bij te zetten. In de film maken we kennis met een compleet nieuwe tegenstander, Cobra’s V-Troops.

Onder leiding van Cobra Commander wordt het dna van 's werelds meest meedogenloze dieren gecombineerd met soldaten zodat een vrijwel onverslaanbaar leger ontstaat. Het G.I. Joe team komt onder leiding van Duke, Heavy Duty, Scarlett en Snake Eyes in actie om de plannen van Cobra te dwarsbomen, totdat een van de Joes besmet raakt met het dierlijke dna.